Klemen je leta 2010 soustanovil podjetje BioSistemika, spin-off Nacionalnega inštiuta za biologijo, kjer je delal doktorat. BioSistemika je eden največjih ponudnikov razvoja programske opreme za laboratorije, hkrati pa razvija lastno tehnologijo za zapisovanje digitalnih podatkov na DNA. Podjetje je vodil prvih 5 let, in v tem času so prišli na 1 milijon prihodkov in 20 zaposlenih. Danes podjetje zaposluje več kot 50 ljudi in ustvarja več kot 3 milijone prihodkov. Je tudi ustanovitelj in prvi direktor podjetja SciNote LLC, ki ga je ustanovil kot spin-off podjetje iz BioSistemike z investitorjem iz ZDAA leta 2015.

SciNote je eden vodilnih ponudnikov elektronskega laboratorijskega dnevnika, ki ga uporabljajo raziskovalci v več kot 100 državah po svetu. V tem času je podjetje zraslo na 60 zaposlenih po celem svetu ter 3 milijone prometa. Podjetje so na koncu tudi uspešno prodali, danes pa je Klemen direktor podjetja Plan Z, ki ga je leta 2021 ustanovil z bratom in se ukvarja z rastlinsko biotehnologijo.